如何計算 R 中大矩陣（affymetrix 基因表達數據）中所有列的范圍和方差？

Question

嗨，我有一個像上面這樣的文本文件。 我想計算所有列（探針）的范圍和方差，並有一個 output 文件，假設如下所示（所有探針的范圍和方差值）-

我不關心此分析的行名（包含.CEL）。 非常感謝你的幫助。

真誠的 AR

Answer 1

如果您想要一種更有效的方法， matrixStats有colRanges和colVars非常適合此類矩陣運算：

library(matrixStats)
mat <- data.matrix(df)
data.frame(Probe_ID=colnames(mat), 
           Range=colRanges(mat), 
           Variance=colVars(mat)
)

Answer 2

使用apply function 其中2表示按列

data.frame(
    Probe_ID = colnames(df),
    Range = apply(df,2,function(x) paste(range(x),collapse=",")),
    Variance = apply(df,2,var)
)

示例數據：

df <- data.frame(a=1:34,b=2:35) 

示例 Output

  Probe_ID Range Variance
a        a  1,34 99.16667
b        b  2,35 99.16667