使用 Python 從自適應網格細化寫入 VTK 文件

Question

我關心的是以下問題：我有一個 3D 磁場 B，來自自適應網格細化，保存並以 HDF 格式組織。 現在我想使用 Python 例程創建一個 VTK 文件。 我的目標是用 Paraview 來代表它。

你能幫我創建這個例程嗎？

使用：

gridToVTK("./B", np.array(x), np.array(y), np.array(z), pointData = {"B" : B})

我成功地將 HDF-5非均勻數據轉換為 VTK，但自適應網格細化在其組織上有點不同。

謝謝，

Answer 1

如果您只想可視化您的網格，您可以使用類似於以下內容的 function 創建 vtk 非結構化網格，以便在 paraview 中加載文件：

def save_vtk_unstructured_grid(path, points, cells, point_data):
    """
    Create a vtu grid file containing quads from a list of points,
    a list of cells and additional point data.
    The list of cells references the points inside the point list via the row index.

    N Points: [[x_0, y_0, z_0],
               [x_1, y_1, z_1],
               ...
               [x_(n-1), y_(n-1), z_(n-1)]]

    M Cells: [[i_00, i_01, i_02, i_03],
              [i_10, i_11, i_12, i_13],
              ...
              [i_(m-1)0, i_(m-1)1, i_(m-1)2, i_(m-1)3]]

    E.g.:
    Cell: p0 x------x p1    =>      Cell indices inside the cell array:
             |      |               [0, 1, 2, 3]
             |      |
             |      |
          p2 x------x p3

    :param path: Save path as string
    :param points: Nx3 numpy array of point coordinates
    :param cells: Mx4 numpy array of point indices for a mesh consisting of quads.
    :param point_data: Nx1 numpy array of containing data at the point coordinates.
    """
    points = vtk.vtkPoints()
    cells = vtk.vtkCellArray()

    # insert points
    for p in points:
        points.InsertNextPoint(p[0], p[1], p[2])

    # insert the quad cells
    for idx in cells:
        # create a new quad cell
        quad = vtk.vtkQuad()
        quad.GetPointIds().SetId(0, idx[0])
        quad.GetPointIds().SetId(1, idx[1])
        quad.GetPointIds().SetId(2, idx[2])
        quad.GetPointIds().SetId(3, idx[3])
        cells.InsertNextCell(quad)

    # create the point data
    data = vtk.vtkDoubleArray()
    data.SetNumberOfComponents(1)
    data.SetNumberOfValues(len(point_data))
    for i, d in enumerate(point_data):
        data.SetTuple(i, d)

    # create the grid from the points and cells
    grid = vtk.vtkUnstructuredGrid()
    grid.SetPoints(points)
    grid.SetCells(vtk.VTK_QUAD, cells)
    grid.GetPointData().SetScalars(data)

    # write the grid
    writer = vtk.vtkXMLUnstructuredGridWriter()
    writer.SetFileName(path)
    writer.SetInputData(grid)
    writer.Write()

這將創建一個由四邊形組成的非結構化網格（網格），通常用於自適應網格細化。 您需要提供的只是點列表：

points = np.array([x, y, z])

和網格連接作為索引列表cells 。 您的點數據B應該是一個標量值。 如果每個點有多個組件，則必須更改vtkDoubleArray內 vtkDoubleArray 的組件數量。

請注意，如果您輸入包含懸掛節點的細化網格，這可能會影響網格的連通性，並導致算法根據連通性信息得出錯誤的結果。 據我所知，vtk 不支持掛節點連接。