將 BioPython.Phylo 距離矩陣轉換為 pandas dataframe

Question

我想將Phylo.TreeConstruction.DistanceMatrix轉換為pandas dataframe 但不知道該怎么做。 有誰知道怎么做？

    alignment = AlignIO.read(align, "fasta")
    calculator = DistanceCalculator('identity', )
    dismat = calculator.get_distance(alignment)

Answer 1

這可行，但感覺很臟：

for disLis in dismat:
      distances.append(disLis)
dismatDF = pd.DataFrame(distances)

它獲取Phylo object 中的每個列表並將其附加到列表列表中，然后制作 dataframe 。