Phylo BioPython建築樹木

Question

我試圖用BioPython，Phylo模塊構建一棵樹。
到目前為止我所做的是這張圖片：

每個名稱都有一個四位數字后跟 - 和一個數字：這個數字指的是表示序列的次數。 這意味着1578 - 22，該節點應代表22個序列。

序列對齊的文件 ： file
與構建樹的距離的文件： 文件

所以現在我知道如何更改節點的每個大小。 每個節點都有不同的大小，這很容易做一個不同值的數組：

    fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt")    
    list_size = {}
    for line in fh:
        if '>' in line:
            labels = line.split('>')
            label = labels[-1]
            label = label.split()
            num = line.split('-')
            size = num[-1]
            size = size.split()
            for lab in label:
                for number in size:
                    list_size[lab] = int(number)

    a = array(list_size.values())

但是數組是任意的，我想將正確的節點大小放入正確的節點，我試過這個：

         for elem in list_size.keys():
             if labels == elem:
                 Phylo.draw_graphviz(tree_xml, prog="neato", node_size=a)

但是當我使用if語句時沒有出現。

無論如何這樣做？

我真的很感激！

謝謝大家

Answer 1

我終於搞定了這個。 基本前提是您將使用labels/nodelist來構建node_sizes 。 這樣他們就能恰當地聯系起來。 我確定我缺少一些重要的選項，使樹看起來100％，但似乎節點大小正確顯示。

#basically a stripped down rewrite of Phylo.draw_graphviz
import networkx, pylab
from Bio import Phylo


#taken from draw_graphviz
def get_label_mapping(G, selection): 
    for node in G.nodes(): 
        if (selection is None) or (node in selection): 
            try: 
                label = str(node) 
                if label not in (None, node.__class__.__name__): 
                    yield (node, label) 
            except (LookupError, AttributeError, ValueError): 
                pass


kwargs={}
tree = Phylo.read('tree.dnd', 'newick')
G = Phylo.to_networkx(tree)
Gi = networkx.convert_node_labels_to_integers(G, discard_old_labels=False)

node_sizes = []
labels = dict(get_label_mapping(G, None))
kwargs['nodelist'] = labels.keys()

#create our node sizes based on our labels because the labels are used for the node_list
#this way they should be correct
for label in labels.keys():
    if str(label) != "Clade":
        num = label.name.split('-')
        #the times 50 is just a guess on what would look best
        size = int(num[-1]) * 50
        node_sizes.append(size)

kwargs['node_size'] = node_sizes
posi = networkx.pygraphviz_layout(Gi, 'neato', args='') 
posn = dict((n, posi[Gi.node_labels[n]]) for n in G) 

networkx.draw(G, posn, labels=labels, node_color='#c0deff', **kwargs)

pylab.show()

結果樹