Biopython Phylo.draw（）：為什么不返回軸實例？

Question

當我們這樣做時，Bio.Phylo中有一些我不理解的東西：

from Bio import Phylo
tree = Phylo.read("my_tree","newick")
tree_plot = Phylo.draw(tree)

編輯：

$ cat my_tree
(((A,B),C),D)

tree_plot是Nonetype，因為Phylo.draw（）不返回任何內容。 源代碼的最后兩行是：

    if do_show:
        plt.show()

我想與樹交互，並在一些樹葉前添加一個點。 所以我在最后一行的計算機上添加了源代碼：

    if do_show:
        plt.show()
    return axes

現在，用我在開頭寫的那段代碼，我在tree_plot中：

In [1]: type(tree_plot)
Out[1]: matplotlib.axes.AxesSubplot

而且我現在能夠從樹中訪問數據，例如：

In [2]: tree_plot.texts
Out[2]: [<matplotlib.text.Text at 0x114d02710>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d02990>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d02ed0>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d00cd0>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d3c410>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d3cb10>] 

或繪制一條線：

tree_plot.plot(range(10))

等等任何其他axis.AxesSubplot方法。

我的問題是：

為什么Phylo.draw()函數中沒有return語句？ 如果它是有目的的，為什么以及如何在同一軸上繪制東西？

我正在使用

• python 2.7.3
• matplotlib 1.3.0
• Biopython 1.63

謝謝

Answer 1

為什么他們不回復你需要問開發人員的數字（或者可能會建議改變）。 但是，它很容易解決：

首先確保您在交互模式下使用matplotlib ：

from matplotlib import pyplot as plt
plt.ion()

然后運行你的：

Phylo.draw(tree)

之后，如果你只是想要ax ，添加一些你使用的文字

ax = plt.gca()
ax.text(1, 4, "Hello World")
plt.show()

或者如果你想要整個數字使用plt.gcf() 。 記得做plt.show()來查看你的更新。