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[英]How can I obtain axial slices of a 3D medical image saved as numpy array in python?
[英]How can I obtain all 2D slices from a 3D image at once?
我正在使用以下代碼對 3D 圖像進行切片:
import nibabel as nib
import numpy as np
from nibabel.testing import data_path
import os
vol1= np.load("teste01.npy")
zSlice= (vol1[200, :, :]).squeeze()
print (zSlice.shape)
np.save("D:/Volumes convertidos LIDC/slice200.npy", zSlice)
問題是我需要手動完成,我需要獲取所有切片,並且只有很多切片才能繼續這樣做。 有沒有其他選擇?
如果我正確理解你想要做什么,以下應該工作:
for i, s in enumerate(vol1):
np.save(f"D:/Volumes convertidos LIDC/slice{i}.npy", s)
這會將沿第 0 軸拍攝的每個二維切片保存在單獨的文件中(這可能意味着很多文件)
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