在 R 中，有沒有一種方法可以根據數據框中的因子向量為 phytools 樹着色？

Question

我有一棵樹，上面有 18 個提示，看起來像這樣；

library(phytools)
# Create tree
sim.tree<-pbtree(n=18)
plot(sim.tree)

然后我有一個帶有提示名稱的數據框和一個我想用來給樹着色的因子向量，比如；

df<-data.frame(tip = paste0("t", 1:18),
               vector.to.color.with = as.factor(c("<10", "10-20", "10-20", "10-20", "NA", "10-20", 
                                   "10-20", "10-20", "20-35", "<10", "10-20", "<10", 
                                   "35", "20-35", "<10", "NA", "10-20", "<10")))

我嘗試使用tip.color()和plotBranchbyTrait()無濟於事。 我知道這可能一直都在做，我錯過了一些簡單的事情。 任何幫助是極大的贊賞

Answer 1

檢查?plot.phylo

library(phytools)
# Create tree
df<-data.frame(tip = paste0("t", 1:18),
               vector.to.color.with = as.factor(c("<10", "10-20", "10-20", "10-20", "NA", "10-20", 
                                                  "10-20", "10-20", "20-35", "<10", "10-20", "<10", 
                                                  "35", "20-35", "<10", "NA", "10-20", "<10")))
set.seed(123)
sim.tree<-pbtree(n=18)
cols <- as.integer(df$vector.to.color.with[match(sim.tree$tip.label,df$tip)])
plot(sim.tree, tip.color = cols)