call.Fortran in R for hclust

Question

我仍然是 R 的新手，我需要 hclust function 的完整語法。我不知道如何獲得 hclust function 中包含的 .Fortran function 的完整語法。下面是 8237380 使用的函數是 2：

hcl <- .Fortran(C_hclust, n = n, len = len, method = as.integer(i.meth), 
        ia = integer(n), ib = integer(n), crit = double(n), members = as.double(members), 
        nn = integer(n), disnn = double(n), diss = d)
hcass <- .Fortran(C_hcass2, n = n, ia = hcl$ia, ib = hcl$ib, 
        order = integer(n), iia = integer(n), iib = integer(n))

在 hclust function 以下，我從 R 中運行語法hclust得到

function (d, method = "complete", members = NULL) 
{
    METHODS <- c("ward.D", "single", "complete", 
        "average", "mcquitty", "median", "centroid", 
        "ward.D2")
    if (method == "ward") {
        message("The \"ward\" method has been renamed to \"ward.D\"; note new \"ward.D2\"")
        method <- "ward.D"
    }
    i.meth <- pmatch(method, METHODS)
    if (is.na(i.meth)) 
        stop("invalid clustering method", paste("", 
            method))
    if (i.meth == -1) 
        stop("ambiguous clustering method", paste("", 
            method))
    n <- as.integer(attr(d, "Size"))
    if (is.null(n)) 
        stop("invalid dissimilarities")
    if (is.na(n) || n > 65536L) 
        stop("size cannot be NA nor exceed 65536")
    if (n < 2) 
        stop("must have n >= 2 objects to cluster")
    len <- as.integer(n * (n - 1)/2)
    if (length(d) != len) 
        (if (length(d) < len) 
            stop
        else warning)("dissimilarities of improper length")
    if (is.null(members)) 
        members <- rep(1, n)
    else if (length(members) != n) 
        stop("invalid length of members")
    storage.mode(d) <- "double"
    hcl <- .Fortran(C_hclust, n = n, len = len, method = as.integer(i.meth), 
        ia = integer(n), ib = integer(n), crit = double(n), members = as.double(members), 
        nn = integer(n), disnn = double(n), diss = d)
    hcass <- .Fortran(C_hcass2, n = n, ia = hcl$ia, ib = hcl$ib, 
        order = integer(n), iia = integer(n), iib = integer(n))
    structure(list(merge = cbind(hcass$iia[1L:(n - 1)], hcass$iib[1L:(n - 
        1)]), height = hcl$crit[1L:(n - 1)], order = hcass$order, 
        labels = attr(d, "Labels"), method = METHODS[i.meth], 
        call = match.call(), dist.method = attr(d, "method")), 
        class = "hclust")
}

如果您知道如何獲得完整的語法 fo.Fortran，請告訴我，非常感謝。

Answer 1

.Fortran是一個基礎 R function 用於從包（或用戶腳本，但這種情況很少見）中調用 Fortran 中編寫的函數。 在您發布的代碼中，它調用C_hclust和C_hcass2引用的函數。 這些可能是hclust package 中的私有變量。

因為這些變量是私有的，所以可能沒有關於如何使用它們的任何文檔。 您需要獲取hclust的源代碼，並在src目錄中查找包含 Fortran 源代碼的.f文件。

但是，調用私有函數總是一個壞主意。 Package 作者可能會在下次更新時更改這些內容，恕不另行通知，您的代碼將停止工作。 即使 function 沒有改變，它也可能存在未記錄的限制，因此您的呼叫可能無法正常工作。