在 Matplotlib 中設置輪廓子圖的位置

Question

我正在使用 SciPy 識別 CT 圖像中的腫瘤。 一旦我確定了包含腫瘤的切片，我就會使用以下方法檢索切片：

slice_x, slice_y = ndimage.find_objects(label_im==label)[0]

然后我繪制完整圖像如下：

plt.imshow(image, cmap='gray')

我想將提取的切片（包含腫瘤）的輪廓疊加在適當位置的原始圖像之上。 但是，我無法讓等高線圖位於正確區域的頂部。 相反，等高線圖始終位於圖像的左上角。 這是我正在使用的：

plt.contour(mask[slice_x, slice_y], position=(slice_x.start, \
slice_y.start), linewidths=2, colors='r')

結果如下：

如何在主圖中設置等高線圖的位置？ 謝謝！

Answer 1

您需要使用extent關鍵字參數而不是position 。 但是，您需要指定最大值和起點（即它必須是extent=[xmin, xmax, ymin, ymax] ）

在你的情況下，它看起來像：

extent=[xslice.start, xslice.stop+1, yslice.start, yslice.stop+1]
plt.contour(mask[xslice, yslice], extent=extent)

請注意，您可能需要使用origin關鍵字參數（或翻轉 ymin 和 ymax）來控制解釋輸入數據的方式。

或者，您可以執行以下操作：

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, mask[xslcie, yslice])

如果你在一個大的區域工作，它會有點低效，但它更干凈。

作為后一種方法的完整示例：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm

data = np.random.random((100,100))

xslice, yslice = slice(20, 30), slice(45, 65)

plt.imshow(data, cmap=cm.gray)

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, data[xslice, yslice])

plt.show()