在 Matplotlib 中设置轮廓子图的位置

Question

我正在使用 SciPy 识别 CT 图像中的肿瘤。 一旦我确定了包含肿瘤的切片，我就会使用以下方法检索切片：

slice_x, slice_y = ndimage.find_objects(label_im==label)[0]

然后我绘制完整图像如下：

plt.imshow(image, cmap='gray')

我想将提取的切片（包含肿瘤）的轮廓叠加在适当位置的原始图像之上。 但是，我无法让等高线图位于正确区域的顶部。 相反，等高线图始终位于图像的左上角。 这是我正在使用的：

plt.contour(mask[slice_x, slice_y], position=(slice_x.start, \
slice_y.start), linewidths=2, colors='r')

结果如下：

如何在主图中设置等高线图的位置？ 谢谢！

Answer 1

您需要使用extent关键字参数而不是position 。 但是，您需要指定最大值和起点（即它必须是extent=[xmin, xmax, ymin, ymax] ）

在你的情况下，它看起来像：

extent=[xslice.start, xslice.stop+1, yslice.start, yslice.stop+1]
plt.contour(mask[xslice, yslice], extent=extent)

请注意，您可能需要使用origin关键字参数（或翻转 ymin 和 ymax）来控制解释输入数据的方式。

或者，您可以执行以下操作：

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, mask[xslcie, yslice])

如果你在一个大的区域工作，它会有点低效，但它更干净。

作为后一种方法的完整示例：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm

data = np.random.random((100,100))

xslice, yslice = slice(20, 30), slice(45, 65)

plt.imshow(data, cmap=cm.gray)

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, data[xslice, yslice])

plt.show()