如何從.networkx圖中設置DGL節點特征
[英]How to set the DGL node features from networkx graph
我想將 .networkx 圖轉換為 dgl 數據。 但是當我嘗試像教程一樣使用dgl.from.networkx時，出現了意想不到的結果。import dgl import networkx as nx import numpy as np import torch #Construct the ...
使用 dgl 訓練時出錯 model：recordStream 僅在 TensorAdaptor 可用時有效
[英]ERROR during trainning model with dgl: recordStream only works when TensorAdaptor is available
我在訓練我的 MLP model 時遇到了奇怪的錯誤。我不知道要更改什么，也不知道如何修復它。 首先，我使用以下包在 conda env 中運行它： 我收到以下錯誤： 我試圖更改 cuda 的版本以及 dgl 包（降級和升級），但沒有任何運氣。 接下來我決定退出 conda env 並使用 pyth ...
無法使用 PyVis 可視化 Cora 數據集
[英]Cannot visualize the Cora dataset using PyVis
當我嘗試使用 PyVis 可視化 Cora 數據集時，我得到一個 AssertionError。 Cora 圖從 Deep Graph Library 加載，並在傳遞給 PyVis 之前轉換為簡單的 NetworkX Graph。 下面是一個MWE。 感謝您的任何幫助 ：） ...
使用“DGLGraph.apply_edges”和“DGLGraph.send_and_recv”API（計算消息）替代“DGLGraph.send”和“DGLGraph.recv”
[英]Use of "DGLGraph.apply_edges" and "DGLGraph.send_and_recv" API (to compute messages) as a replacement of "DGLGraph.send" and "DGLGraph.recv
我正在使用 DGL（Python package，專門用於圖的深度學習）來訓練定義圖、定義圖卷積網絡 (GCN) 和訓練。 我遇到了一個我正在處理兩周的問題。 我根據以下鏈接開發了我的 GCN 代碼： 在此處輸入鏈接描述對於上述代碼的這一部分，我遇到了一個錯誤： 我收到以下錯誤： 由於它在錯誤中 ...
運行dgllife pubchem_aromaticity實例報錯
[英]run dgllife pubchem_aromaticity example report error
我下載了 dgllife 並運行了 pubchem_aromaticity 示例。 ( https://github.com/chaoyue729/dgl-lifesci/tree/master/examples/property_prediction/pubchem_aromaticity )。 ...
有什么方法可以將“DGL.heterograph”轉換為“torch_geometric”圖？
[英]Any method to transform 'DGL.heterograph' to 'torch_geometric' graph?
我正在使用 dgl 庫，因為它很容易理解。但是我需要 torch_geometric 中的幾個模塊，但它們不支持 dgl 圖形。 有什么辦法可以將 dgl 圖更改為 torch_geometric 圖？ 我的數據集是用 dgl graph 構建的，我將在加載數據集時將它們更改為 torch_geo ...
使用沒有節點屬性的 DGL GNN 對圖進行分類
[英]Classifying graph with DGL GNN without nodes attributes
我正在按照本指南從我自己的數據中創建用於圖形分類的數據集： https ://docs.dgl.ai/en/0.6.x/new-tutorial/6_load_data.html 在那里，它們不會創建任何節點的特征，因為如果您要預測圖形類，則沒有必要。 就我而言，它是相同的，我不想使用任何節點功能 ...
如何從networkx獲取節點權重到dgl
[英]How to get node weights from networkx to dgl
考慮以下玩具 networkx 圖： 我想在dgl中使用它，但我不確定如何讀取節點權重。 我嘗試過： 但這給出了： 這樣做的正確方法是什么？ ...
pip install -c dglteam dgl 失敗
[英]pip install -c dglteam dgl failed
我從另一個線程中看到當前頻道可能會影響它。 我想安裝 dgl 0.4.3。 和 pip 命令或從環境文件安裝失敗。 我怎樣才能安裝它？ 下面是錯誤日志。 非常感謝。 收集 package 元數據（current_repodata.json）：完成求解環境：初始凍結求解失敗。 使用靈活的求解重試。 收 ...
如何修復 RuntimeError：dlpack 不支持 Bool 類型
[英]How to fix RuntimeError: Bool type is not supported by dlpack
一直在用下面的代碼獲取DGL提供的默認Cora數據集，但是今天突然出現如下錯誤。 代碼在 CoLab（python 3.7 和 Pytorch 后端）中運行。 我認為這是 DGL 更新的錯誤（因為它之前一直有效）。 但是，我只是想知道我們是否可以做些什么來解決這個問題？ 謝謝。 ...
無法下載 CoraGraphDataset
[英]Unable to download CoraGraphDataset
錯誤： 手動下載文件並將其放在 .dgl 目錄下。 另一種選擇是讀取手動下載的文件。 至少如何做到這一點？ ...
使用 numpy 表示的特征和鄰接矩陣構建 networkx/dgl 圖
[英]Build networkx/dgl graph with from numpy representations of feature and adjacency matrix
描述從鄰接矩陣生成圖 object（DGL 或 NetworkX）並允許建立節點特征。 結果我在下面生成我的解決方案。 但是，鼓勵其他答案。 ...
在某些 Node 特征子集上構建 KNN 圖
[英]Build KNN graph over some subset of Node features
我有一個要在其上使用圖神經網絡的點雲。 點雲中的每個點都以其位置坐標和顏色為特征。 所以單個節點是(X, Y, Z, C) 。 現在我想對此應用邊緣卷積（如DGL Edge-Conv 示例中所述，為此我應該在(X, Y, Z) （而不是在 C 上）構建一個最近鄰圖，然后使用所有4 個屬性作為我的神 ...
從 dgl.data.chem 導入 mol_to_bigraph，smiles_to_bigraph 不起作用
[英]from dgl.data.chem import mol_to_bigraph, smiles_to_bigraph does not work
我正在研究基於分子的圖分類問題。 我的數據是 SMILES，我想將其轉換為圖形並使用 DGL 包構建模型。 我已經通過在 spyder 中使用pip install dgl安裝了 dgl 包！ 在 google colab 中pip install dgl。 我可以使用import dgl導入這個 ...
lsode 函數以八度表示
[英]lsode function in octave
我寫了下面的代碼，它工作了幾個星期沒有任何問題。 突然它停止工作，出現以下錯誤： 代碼是： 有沒有人看到錯誤或我可以更改的內容？ ...
在 DGL 中以節點為輸入、邊為 Output 的圖神經網絡
[英]Graph Neural Network with Nodes as Input and Edges as Output in DGL
我想修改示例 DGL GATLayer，以便網絡可以學習邊緣權重，而不是學習節點表示。 也就是說，我想構建一個以一組節點特征作為輸入並輸出邊的網絡。 標簽將是一組“真實邊緣”，它們表示哪些節點來自一個共同的來源，這樣我就可以學習以相同的方式對看不見的數據進行聚類。 我使用以下 DGL 示例中的代碼作 ...