如何从rJython导入站点包？

Question

我正在尝试使用rJython包从R调用针对Python的openopt包中的某些函数。 我在64位Windows 7上为Python 2.7.4安装了NumPy，SciPy和OpenOpt。从Python导入openopt是可以的。

但是，当我运行代码时：

library(rJython)
rJython <- rJython(modules='openopt')
rJython$exec("from openopt import GLP")

我有错误：

.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
ImportError: No module named openopt

当然，我检查了Python环境的sys.path值：

rJython$exec("import sys")
rJython$exec("pname = sys.path")
jython.get(rJython, "pname")

但是我得到了：

[1] "C:\\Users\\myname\\Documents\\R\\win-library\\2.15\\rJython\\Lib"            
[2] "C:\\Users\\myname\\Documents\\R\\win-library\\2.15\\rJython\\jython.jar\\Lib"
[3] "__classpath__"                                                                 
[4] "__pyclasspath__/"                                                              
[5] "openopt"                                                                       
[6] "C:/Users/myname/Documents/R/win-library/2.15/rJython" 

这些绝对不像Python本身中的sys.path值。 所以我通过以下方式扩展了sys.path：

rJython$exec("sys.path.extend(['C:\\Python27\\lib\\site-packages\\openopt-0.45-py2.7.egg'])")

然后，似乎我需要将numpy添加到sys.path中：

Error in .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\__init__.py", line 10, in <module>
    from oo import *
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\oo.py", line 4, in <module>
    from LP import LP as CLP
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\LP.py", line 1, in <module>
    from baseProblem import MatrixProblem
File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\baseProblem.py", line 2, in <module>
    from numpy import *
ImportError: No module named numpy

然后，我在rJython中扩展了Python的sys.path列表中的所有内容。 但是我仍然获得更多信息：

Erro in .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl,  : 
  Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\__init__.py", line 10, in <module>
    from oo import *
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\oo.py", line 4, in <module>
    from LP import LP as CLP
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\LP.py", line 1, in <module>
    from baseProblem import MatrixProblem
  File "C:\Python27\lib\site-packages\openopt-0.45-py2.7.egg\openopt\kernel\baseProblem.py", line 2, in <module>
    from numpy import *
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\__init__.py", line 154, in <module>
    import add_newdocs
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\lib\__init__.py", line 4, in <module>
    from type_check import *
  File "C:\Python27\lib\site-packages

好。 主要问题是：看来我无法从站点程序包中导入模块。 我绝对可以在Python2.7.4中导入基本模块。 有什么建议吗？

Answer 1

rJython是一个不调用Python而是Jython的软件包，这不是一回事。 特别是， Jython程序当前不能使用用C编写的CPython扩展模块 ，只能使用纯Python的模块。

这就是为什么不能通过rJython调用NumPy或SciPy的原因。

然而， rPython ，用完全相同的接口rJython确实与真正的Python交互的包。 您应该尝试一下。

需要注意的是：它目前仅在UNIX（Linux / Mac / ...）环境下运行，而在Windows下不运行。 可以将其安装在Windows上，并且有一些在该平台上安装的说明，但是涉及一些脚本的手动配置（本质上是指示要使用的Python版本以及其所在路径）和编译。