numpy 未定义符号：PyFPE_jbuf

Question

我正在尝试使用一百万首歌曲数据集，为此我必须安装 python 表、numpy、cython、hdf5、numexpr 等。

昨天我设法安装了我需要的所有东西，在 hdf5 遇到一些麻烦之后，我下载了预编译的二进制包并将它们保存在我的 /bin 文件夹中，以及 /lib 中的相应库中，之后我测试了这个 python 脚本： http://labrosa.ee.columbia.edu/millionsong/sites/default/files/tutorial1.py.txt

它工作得很好，要明确我让它工作的方式是首先运行脚本并开始安装所需的依赖项，但是今天我重新启动了我的笔记本电脑并且它没有工作，现在它在控制台上抛出了这个错误：

python2.7 script.py 

返回：

import numpy as np # get it at: http://numpy.scipy.org/
from . import random
from .mtrand import *
ImportError: /home/francisco/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/random/mtrand.so: undefined symbol: PyFPE_jbuf

在我看来，这样的文件中缺少一个变量，我的猜测是脚本正在错误的位置寻找 numpy 库，因为我做了很多失败的安装，也许我破坏了一些东西，它只是因为它被加载了在计算机的时间记忆中。

我尝试安装 Anaconda，我创建了一个新环境并使用 anaconda 包管理器安装了打包，甚至认为我列出了所有打包并返回：

# packages in environment at /home/francisco/anaconda2/envs/Music:
#
biopython                 1.66                np110py27_0  
cython                    0.23.4                    <pip>
hdf5                      1.8.15.1                      2  
mkl                       11.3.1                        0  
numexpr                   2.5                 np110py27_0  
numpy                     1.10.4                   py27_1  
openssl                   1.0.2g                        0  
pillow                    3.1.1                     <pip>
pip                       8.1.1                    py27_0  
pytables                  3.2.2               np110py27_1  
python                    2.7.11                        0  
python-ldap               2.4.25                    <pip>
readline                  6.2                           2  
reportlab                 3.3.0                     <pip>
requirements              0.1                       <pip>
setuptools                20.3                     py27_0  
sqlite                    3.9.2                         0  
tables                    3.2.2                     <pip>
tk                        8.5.18                        0  
wheel                     0.29.0                   py27_0  
zlib                      1.2.8                         0  

我仍然得到同样的错误。 我真的需要帮助，不知道还能尝试什么。 谢谢。

Answer 1

我遇到了同样的问题，可能你安装了没有 Anaconda 的 numpy，因此存在冲突，使用哪个 numpy：使用 pip 或 conda 安装的那个。 当我删除非 Anaconda numpy 时，错误消失了。

pip uninstall numpy

Answer 2

对于 cython 用户：

这篇文章很有帮助。 该帖子解释说，有一些标志（--with-fpectl），它要么在编译cpython期间设置，要么不设置。 当使用没有该标志的 cpython 编译库时，它与设置了该标志的版本不兼容。 此效果仅在您使用 cython 时才会出现，因为 numpy 本身不使用此扩展名。

正如那篇文章中进一步说明的那样，我的 Ubuntu 16.04 是用这个标志创建的，而没有它的 Conda。 对我来说，特别是模块hmmlearn抛出了未定义的符号错误。 一定是这种情况，因为它是由设置标志的 Ubuntu 而不是由 anaconda 提供的。 所以我卸载了hmmlearn并从源代码重新手动安装它（不幸的是，Anaconda 不提供 hmmlearn）。 --> 有效！

Answer 3

具有讽刺意味的是，我什么也没做就重新启动了我的笔记本电脑，并且它起作用了。 无法理解为什么。

Answer 4

我同意以前的帖子，这似乎是由于安装了多个版本的 numpy 造成的。 对我来说，仅仅使用 pip 是不够的，因为我还安装了多个版本的 pip。

指定特定的 pip 解决了这个问题：

/usr/bin/pip3 uninstall numpy

Answer 5

最初，我使用系统 /usr/bin/pip 和 anconda pip 安装了 cython。 我使用系统 pip 卸载了系统 cython 并使用conda install cython重新安装。 现在工作。

Answer 6

首先从/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy-1.11.0-py2.7-linux-x86_64.egg中删除numpy然后使用以下命令

sudo pip install numpy scipy

在我的情况下，我已经解决了这个错误。

Answer 7

我在特定情况下遇到了这个问题。 使用Anaconda （我认为是 3）我正在创建一个新环境。 以前我用 numpy 创建了一个 py3 环境，不确定是否相关。 但是在创建新的 py2.7 环境时，我通过 pip 安装了一个特定的包 Ta-lib，但是对于 Ta-lib 的特定情况，出现了与 numpy 相关的相同问题的导入错误。

在这篇文章中，Gaurav 建议使用 pip 标志 --no-cache-dir来确保在安装 numpy 期间进行重建。 我卸载了我的 Ta-lib 和 numpy，然后通过 pip 用这个标志重新安装了它们，一切都很好。