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熊猫基于多个条件从数据框中删除行,而没有for循环

[英]pandas remove rows from dataframe based on multiple conditions without for loops

我有一个6列的熊猫数据框数据,我想根据某些条件处理并删除一些行。 数据框以制表符分隔,如下所示:

RO52_HUMAN  TRIM6_HUMAN 1.83e-136   471 45.86   216
RO52_HUMAN  TRI68_HUMAN 6.46e-127   482 42.946  207
RO52_HUMAN  TRI22_HUMAN 6.49e-121   491 41.344  203
RO52_HUMAN  TRI38_HUMAN 7.15e-117   458 42.358  194
RO52_HUMAN  TRIM5_HUMAN 3.6e-114    499 40.281  201
RO52_HUMAN  TRI39_HUMAN 2.56e-111   490 39.388  193
RO52_HUMAN  TRI11_HUMAN 2.35e-109   471 43.524  205
RO52_HUMAN  TRI27_HUMAN 1.44e-108   495 37.576  186
RO52_HUMAN  TRI34_HUMAN 6.12e-105   500 43.0    215
RO52_HUMAN  TRI17_HUMAN 1.79e-87    461 37.093  171

删除行的条件仅取决于前两列。 我也有一个字典,整个关键字都是蛋白质ID,就像前两列中的那些一样,并且值也是其他蛋白质ID的列表。 基本上我想删除所有行,如果:

第一列的值在字典中作为键,并且第二列的值在字典中用于该键的值。 我为此编写了反向逻辑,并尝试以某种方式(而不是保持不满足这些条件的行)执行它,这是这样写的

blast_out_filtered_df = blast_out_df[ -blast_out_df[0].isin(homolog_dict.keys()) | (blast_out_df[0].isin(homolog_dict.keys() & -blast_out_df[1].isin(homolog_dict[blast_out_df[0]]) ) ) ]

我读入文件中的数据框称为blast_out_df,而我尝试使用过滤后的行创建的新数据框为blast_out_filtered_df。 Ofcrourse运行此代码给我以下错误:

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "C:\Users\mstambou\AppData\Local\Continuum\Anaconda\lib\site-
packages\pandas\core\generic.py", line 806, in __hash__
' hashed'.format(self.__class__.__name__))
TypeError: 'Series' objects are mutable, thus they cannot be hashed

这是因为我试图用特定行的列值索引字典。 如何有效执行此操作? 我使用usint .iterrrows()方法实现了它,但是我有一百万行以上,这太慢了。 有什么建议么? 谢谢。

字典看起来像这样:

homolog_dict['MAPK5_MOUSE']
['MAPK5_HUMAN']

在这种情况下,键为“ MAPK5_MOUSE”,值为['MAPK5_HUMAN”]列表之一

通过执行以下操作找到了解决方案:

dct_2 = dict(RO52_HUMAN=['TRI68_HUMAN', 'TRI67_HUMAN'])

blast_out_df[map(isnt_in, zip(blast_out_df[1], blast_out_df[0].map(dct_2)))]

并通过定义我自己的功能:

def isnt_in(lst_item):     
    if str(lst_item[1])== 'nan':
        return True
    return lst_item[0] not in lst_item[1]

由于我的字典的值是列表,因此单独使用map函数不会被剪切。 我还必须定义自己的函数,因为如果我找不到该字典的键,则map将返回np.nan值,在这种情况下,该函数将为此任务返回True。

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