R脚本未在Slurm批处理作业中运行

Question

我正在运行一个脚本，如下所示：

#!/usr/bin/env Rscript
#./geneiase -t static -i mydata.tab

如果我直接在命令行中对数据运行脚本，则脚本启动时不会出现错误或警告。

但是该程序对计算的要求很高，因此我需要使用名为Slurm的作业调度程序将作业提交到集群。

当我在批处理作业文件中编写完全相同的表达式（如第二段中所述），然后使用sbatch提交作业时，该作业立即终止，并且不返回任何可帮助我理解问题的错误或输出。

我认为这与$PATH包含Rscript有关，即使我通过以下方式将Rscript所在的目录添加到$PATH ： PATH=$PATH:path/to/R/build/R-3.4.0/lib64/R/bin ，问题仍然存在。

有没有一种方法可以使Rscript在Slurm批处理作业中运行？

Answer 1

您需要将SLURM脚本的环境保持为bash

#!/bin/bash

由于您可以从命令行运行R脚本，因此可能意味着$ PATH中已包含R的路径。 在命令行上，您可能已经执行了以下操作：

Rscript ./path-to-script/script

要从SLURM脚本中运行R，与从命令行运行相同：

Rscript ./path-to-script/script