使用python运行bash_profile命令

Question

在我的bash终端中，我可以运行以下命令：

$SCHRODINGER/run volume_calc.py -imae type.mae

这可以正常工作。

然后，我尝试在python脚本中运行相同的命令； 我尝试了以下方法：

import subprocess
subprocess.run(['$SCHRODINGER/run', 'volume_calc.py', '-imae', 'type.mae'])

引发错误：

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '$SCHRODINGER/run'

我很困惑这个问题可能是什么，因为我可以很好地运行基本的bash命令。 感谢您的任何帮助。

Answer 1

除非您将shell参数传递给subprocess.run调用，否则默认情况下不会使用子进程来完成环境变量的扩展。 这会将您的参数传递给外壳程序（例如bash ），该外壳程序将处理所需的扩展以及任何其他类似外壳程序的功能。

这是必要的代码更改：

subprocess.run(['$SCHRODINGER/run', 'volume_calc.py', '-imae', 'type.mae'], shell=True)

请注意，值得阅读使用python文档中给出的安全注意事项 。