survfit（）陰影95％置信區間生存圖

Question

我不確定......我覺得這很難，但是我無法解決這個問題。 如果您運行：

library(survival)    
leukemia.surv <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = aml) 
plot(leukemia.surv, lty = 2:3) 

你會看到生存曲線及其95％的置信區間。 而不是顯示兩條顯示上下95％CI的線，id喜歡遮蔽上下95％邊界之間的區域。

這是否必須通過polygon（）之類的東西來完成？ 所有坐標都可以在摘要中找到......

> summary(leukemia.surv)
Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ 1, data = aml)

 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
5     23       2   0.9130  0.0588       0.8049        1.000
8     21       2   0.8261  0.0790       0.6848        0.996
9     19       1   0.7826  0.0860       0.6310        0.971
12     18       1   0.7391  0.0916       0.5798        0.942
13     17       1   0.6957  0.0959       0.5309        0.912
18     14       1   0.6460  0.1011       0.4753        0.878
23     13       2   0.5466  0.1073       0.3721        0.803
27     11       1   0.4969  0.1084       0.3240        0.762
30      9       1   0.4417  0.1095       0.2717        0.718
31      8       1   0.3865  0.1089       0.2225        0.671
33      7       1   0.3313  0.1064       0.1765        0.622
34      6       1   0.2761  0.1020       0.1338        0.569
43      5       1   0.2208  0.0954       0.0947        0.515
45      4       1   0.1656  0.0860       0.0598        0.458
48      2       1   0.0828  0.0727       0.0148        0.462

是否存在遮蔽95％CI區域的功能？

Answer 1

您可以使用summary()數據以置信區間作為多邊形來創建自己的圖。

首先，將summary()保存為對象。 繪圖數據位於變量time ， surv ， upper和lower 。

mod<-summary(leukemia.surv)

現在您可以使用函數plot()來定義繪圖區域。 然后用polygon()繪制置信區間。 在這里，您必須以相反的順序提供x值和x值，對於y值，使用lower值並使用upper值。 用功能lines()添加生存線。 通過在行lines()添加參數type="s" ，您將獲得行作為步驟。

with(mod,plot(time,surv,type="n",xlim=c(5,50),ylim=c(0,1)))
with(mod,polygon(c(time,rev(time)),c(lower,rev(upper)),
                 col = "grey75", border = FALSE))
with(mod,lines(time,surv,type="s"))

Answer 2

我開發了一個函數來繪制生存曲線中的陰影置信區間。 你可以在這里找到它： 用ggplot2繪制R中的生存曲線

也許你會發現它很有用。