我打算通過for循環附加我的線性回歸結果，但出現錯誤。 我該如何解決？

Question

我是R的新秀。我有一個問題。
我需要根據各種臨床變量(dat[,1:27] - factor) (dat[,28:63] - numeric)測試所有基因表達值(dat[,28:63] - numeric) (dat[,1:27] - factor) 。 我的初始代碼是

dat <- readRDS("TCGA GLUT data.rds")
str(dat)

a <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Gender, data=dat))$coefficients, 5)
b <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Race, data=dat))$coefficients, 5)
c <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients, 5)
d <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Recurrence, data=dat))$coefficients, 5)
e <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Vital_Status, data=dat))$coefficients, 5)
f <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Hashimoto, data=dat))$coefficients, 5)
g <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Histologic_Dx, data=dat))$coefficients, 5)
h <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Max_Size, data=dat))$coefficients, 5)    
i <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Metastatic_LN, data=dat))$coefficients, 5)
j <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ ETE, data=dat))$coefficients, 5)
k <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ T_stage, data=dat))$coefficients, 5)
l <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ N_stage, data=dat))$coefficients, 5)
m <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ Stage, data=dat))$coefficients, 5)
n <- round(summary(lm(SLC2A1 ~ BRAF_V600E, data=dat))$coefficients, 5)

SLC2A1.result <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
SLC2A1.result

這項工作非常辛苦，需要手動更改所有基因名稱（SLC2A1-> SLC2A2-> SLC2A3 ...），所以我做了一個for循環。

result <- data.frame()
for (i in 28:63){
 a <- summary(lm(dat[,i] ~ Gender, data=dat))$coefficients
 b <- summary(lm(dat[,i] ~ Race, data=dat))$coefficients
 c <- summary(lm(dat[,i] ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients
 d <- summary(lm(dat[,i] ~ Recurrence, data=dat))$coefficients
 e <- summary(lm(dat[,i] ~ Vital_Status, data=dat))$coefficients
 f <- summary(lm(dat[,i] ~ Hashimoto, data=dat))$coefficients
 g <- summary(lm(dat[,i] ~ Histologic_Dx, data=dat))$coefficients
 h <- summary(lm(dat[,i] ~ Max_Size, data=dat))$coefficients     
 i <- summary(lm(dat[,i] ~ Metastatic_LN, data=dat))$coefficients
 j <- summary(lm(dat[,i] ~ ETE, data=dat))$coefficients
 k <- summary(lm(dat[,i] ~ T_stage, data=dat))$coefficients
 l <- summary(lm(dat[,i] ~ N_stage, data=dat))$coefficients
 m <- summary(lm(dat[,i] ~ Stage, data=dat))$coefficients
 n <- summary(lm(dat[,i] ~ BRAF_V600E, data=dat))$coefficients 
 result[i] <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
 }

但是，我遇到了一個錯誤。

Error in `[.data.frame`(dat, , i) : undefined columns selected

我無法意識到我的錯誤在哪里以及如何解決。 請幫我！！

Answer 1

您應該了解summary(lm(...))$coefficients是2x4矩陣。 因此，您代碼中的rbind(a,b,c,...)構建了一個28x4的矩陣。 然后，如果您編寫result[i] <- rbind(a,b,c,...) ，則將矩陣分配給result data.frame第i列。

我建議您像在第一個示例中那樣為每個基因創建一個矩陣，並為每個基因建立一個矩陣列表。 然后，您可以將名稱分配給與基因名稱相對應的列表索引。 這將導致如下代碼。

result <- list()
offset <- 27
for (i in 28:63){
  a <- summary(lm(dat[,i] ~ Gender, data=dat))$coefficients
  b <- summary(lm(dat[,i] ~ Race, data=dat))$coefficients
  c <- summary(lm(dat[,i] ~ Age_Dx, data=dat))$coefficients
  d <- summary(lm(dat[,i] ~ Recurrence, data=dat))$coefficients
  # more...
  gene.mat <- rbind(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n)
  result[[i - offset]] <- round(gene.mat, 5)
}
# name the indices by creating a character vector "SLC2A1", "SLC2A2", ...
names(result) <- paste0("SLC2A", 1:36)

然后，您可以使用例如result $ SLC2A1訪問矩陣。