使用Python將3D數組保存到2D圖像堆棧中

Question

我做了一個3D數組，它由數字（0〜4）組成。 我想要的是將3D數組保存為2D圖像堆棧（如果可能，保存* .tiff文件）。 我應該做些什么？

import numpy as np

a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
a = a.astype('int8')

Answer 1

這應該工作。 我還沒有測試過，但是我已經使用這種方法將彩色圖像分離為RGB切片，並且在這里它應該以幾乎相同的方式工作，假設您不想首先對這些像素值做任何事情。 （它們將非常接近圖像中的相同顏色）。

import imageio
import numpy as np

a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
a = a.astype('int8')
for i in range(100):
    newimage = a[:, :, i]
    imageio.imwrite("path/to/image%d.tiff" %i, newimage)

Answer 2

您所說的“堆棧”到底是什么意思？ 當您將tiff稱為輸出格式時，我在這里假設您希望將數據作為多幀tiff放在一個文件中。
這可以通過imageio的mimwrite()函數輕松完成：

# import numpy as np
# a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
# a = a.astype('int8')

import imageio
imageio.mimwrite("image.tiff", a)

請注意，此功能依賴於將幾個幀的計數器作為第一個參數，並將x和y設為跟隨。 另請參見其文檔 。

但是，如果我錯了，並且您想擁有n個（例如100個）單獨的tif文件，則還可以在循環中使用常規的imwrite()函數：

n = len(a)
for i in range(n):
    imageio.imwrite(f'image_{i:03}.tiff', a[i])

Answer 3

實際上，我做到了。 這是我的代碼。 使用此代碼，我不需要堆疊一系列2D圖像（數組）。 制作一個3D陣列並保存。 這就是我為此所做的。

import numpy as np
from skimage.external import tifffile as tif

a = np.random.randint(0,5, size=(100,100,100))
a = a.astype('int8')
tif.imsave('a.tif', a, bigtiff=True)