[英]Differential expression gene analysis: how to do t.test on expression matrix with goups different clinical matrix?
我正在開始轉錄組（affymetrix assay）分析的博士學位。
我有一個表達矩陣（trans_data：32000個基因x 620個樣本）和一個臨床矩陣（clin_data：620個樣本x 42個臨床特征）。 樣品屬於4個種群ABCD中的1個。 我想在群體A和B之間繪制基因表達的比較，而不是試圖綁定兩個矩陣。
我想選擇一個矩陣，在兩個群體中平均表達每個基因，然后是pvalue，然后調整p值。
然后我只能選擇差異表達的基因（padj <0,05）。
謝謝你的幫助。 阿蘭
如果沒有明確的可重復示例，則無法直接回答您的問題，但您可能想要查看相當出色的tableone包
如何通過計算相關系數來縮小基因表達矩陣的維數？
[英]How to reduce dimension of gene expression matrix by calculating correlation coefficients?
用於分析微陣列基因表達數據的limma問題-可能與設計矩陣有關
[英]Issues with limma for analysis of microarray gene expression data - possibly related to design matrix
哪種歸一化基因表達矩陣適用於cor、cor.test或corr.test
[英]which kind of normalized gene expression matrix is suitable for cor, cor.test or corr.test
如何在dplyr mutate中的函數或表達式中使用dplyr中的公式調用創建的t.test模型的屬性？
[英]How to use a function or expression inside dplyr mutate on attributes of a t.test model created by formula call inside dplyr do?
如何計算 R 中大矩陣（affymetrix 基因表達數據）中所有列的范圍和方差？
[英]How to calculate range and variance for all the columns in a large matrix (affymetrix gene expression data) in R?
聲明:本站的技術帖子網頁，遵循CC BY-SA 4.0協議，如果您需要轉載，請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.
