[英]Why does na.rm=TRUE not work for weighted SD in R?
我有一個包含房價的 10 列數據框,在某些情況下,包括 NA。 我想創建一個新的weighted sd
列,但是對於具有幾個 NA 的行,我收到以下錯誤:
Error in e2[[j]] : subscript out of bounds
我每行使用的內容(適用於沒有 NA 的行):
weighted.sd(my.df[40,2:10], c(9,9,9,9,9,9,9,9,9), na.rm = TRUE)
例子
library(radiant.data)
data("mtcars")
mtcars[mtcars == 0] <- NA
weighted.sd(mtcars[18,1:11], c(11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11), na.rm = TRUE)#works
weighted.sd(mtcars[5,1:11], c(11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11), na.rm = TRUE)#issue here
這里有什么問題,如何創建一個每行加權 SD 的新列?
問題似乎是weighted.sd()
不會像您期望的那樣跨數據框的行運行。
運行weighted.sd
我們可以看到代碼:
weighted.sd <- function (x, wt, na.rm = TRUE)
{
if (na.rm) {
x <- na.omit(x)
wt <- na.omit(wt)
}
wt <- wt/sum(wt)
wm <- weighted.mean(x, wt)
sqrt(sum(wt * (x - wm)^2))
}
在您的示例中,您沒有輸入x
的向量,而是輸入數據框的一行。 由於NA
值 - 而不是向量的元素,函數na.omit(x)
將刪除整行。
您可以嘗試使用as.numeric()
將行轉換為向量,但由於如何從wt
刪除NA
,此函數也會失敗。
看起來像這樣的東西可能就是你想要的。 當然,您必須小心為x
輸入有效的列。
weighted.sd2 <- function (x, wt, na.rm = TRUE) {
x <- as.numeric(x)
if (na.rm) {
is_na <- is.na(x)
x <- x[!is_na]
wt <- wt[!is_na]
}
wt <- wt/sum(wt)
wm <- weighted.mean(x, wt)
sqrt(sum(wt * (x - wm)^2))
}
weighted.sd2(mtcars[18,1:11], c(11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11), na.rm = TRUE)#works
# [1] 26.76086
weighted.sd2(mtcars[5,1:11], c(11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11), na.rm = TRUE)#issue here
# [1] 116.545
要將其應用於所有列,您可以使用apply()
。
mtcars$weighted.sd <- apply(mtcars[,1:11], 1, weighted.sd2, wt = rep(11, 11))
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb weighted.sd
Mazda RX4 21.0 6 160.0 110 3.90 2.620 16.46 NA 1 4 4 52.61200
Mazda RX4 Wag 21.0 6 160.0 110 3.90 2.875 17.02 NA 1 4 4 52.58011
Datsun 710 22.8 4 108.0 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 37.06108
Hornet 4 Drive 21.4 6 258.0 110 3.08 3.215 19.44 1 NA 3 1 78.36300
Hornet Sportabout 18.7 8 360.0 175 3.15 3.440 17.02 NA NA 3 2 116.54503
...
如果你按 CTRL+點擊weigted.sd
函數,你可以看到源代碼:
function (x, wt, na.rm = TRUE)
{
if (na.rm) {
x <- na.omit(x)
wt <- na.omit(wt)
}
wt <- wt/sum(wt)
wm <- weighted.mean(x, wt)
sqrt(sum(wt * (x - wm)^2))
}
當您運行它時,值向量包含沒有 NA 的值並且它會減少。 但是權重向量的長度與之前相同,導致錯誤。
一個解決方案是:
weighted.sd(mtcars[5,!is.na(mtcars[5,1:11])],
c(11,11,11,11,11,11,11,11,11,11,11)[!is.na(mtcars[5,1:11])], na.rm = TRUE)
它並不優雅......但它可以完成工作!
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