是否有一種簡單的方法可以在 R 的 igraph 中按度數對網絡節點進行着色？

Question

使用用於 R 的igraph package，我想按其度數為網絡的節點着色。 colors 應該表示從網絡中觀察到的最低程度到最高程度的梯度，例如從藍色到紅色，或從黃色到紅色。

我在這里使用函數setNames和colorRampPalette找到了一個可行的解決方案。

盡管如此，是否還有其他解決方案，使用 R 調色板，如heat.colors或brewer.pal ？

讓我舉個例子，模擬我正在分析的網絡類型：

g <- sample_bipartite(8, 20, type = "gnm", m = 29)

degrees <- degree(g)

colors <- heat.colors(length(unique(degrees)))

plot(g,
     vertex.color = colors)

你看？ 顏色漸變與度數漸變不匹配。

colors 的順序如何匹配度數從低到高的順序？

非常感謝！

Answer 1

我不確定這是不是最好的方法，尤其是在你有很多值的情況下，或者如果網絡被加權，則為連續中心性。 在這種情況下，最好有間隔。

但是，如果您的數據與示例中的數據相似，這可能會有所幫助：

library(igraph)
g <- sample_bipartite(8, 20, type = "gnm", m = 29)

V(g)$degree <- degree(g)

#' maybe it s better to have a full sequence, instead of the unique values,
#' in case you have large gaps in between the unique degree values?
#' If not, can use unique values, as in your example
uni_all <- seq( min(V(g)$degree), max(V(g)$degree))

colors <- data.frame( color = heat.colors(length(uni_all), rev = T),
                      levels = uni_all)
  
# Use match to get the index of right color, matching on levels
V(g)$color <- colors$color[match(V(g)$degree, colors$levels)]

# use degree as labels
V(g)$label <- V(g)$degree


plot(g)

如果您想檢查哪些 colors 已分配給哪些節點：

k <- as_data_frame(g, what = "vertices")