具有 beta 分布且 y 變量中有很多零的 GLMM

Question

我正在嘗試使用 glmmTMB function（包 glmmTMB）運行帶有 beta 發行版的 glmm。 我的響應變量有很多 0 觀察，所以在運行 model 時出現此錯誤

eval 中的錯誤（family$initialize）：y 值必須為 0 < y < 1

我附上了我的響應變量看起來像常規和標准化的東西（見圖）

Answer 1

零值不能出現在真正 Beta 分布的數據中（ y==0的概率密度為零或無限，除非第一個形狀參數正好是1.0）。 您可以通過指定ziformula來擬合零膨脹的 Beta 響應。 例如：

模擬數據

set.seed(101)
y <- rbeta(1000, shape1 = 1, shape2 = 5)
y[sample(1000, replace= FALSE, size = 100)] <- 0
dd <- data.frame(y)

合身

library(glmmTMB)
glmmTMB(y ~ 1, ziformula = ~1, data = dd, family = beta_family)

這個例子沒有隨機效應組件，但這並沒有改變任何重要的東西。