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使用 Python 将 hdf5 文件转换为 nc 文件 - Converting hdf5 file to nc file using Python

伙计们，我的目录中有一个 hdf5 文件列表，我想将 hdf5 文件转换为 nc 文件。 Python有没有办法做到这一点？ 我尝试使用 bash 但在 wsl 中遇到了很多问题。 所以我想在 Python 中执行此操作。我想有一种方法可以使用 .netCDF 库来执行此操作。 你能帮忙吗？ ...

我正在尝试找到一种将 numpy 数组转换为 hdf5 格式的方法 - I am trying to find a way to convert numpy array to hdf5 format

我正在尝试转换 Numpy arrays，它们是在 HDF5 格式中随时间变化的二维网格，适用于多种情况，例如 Numpy 数组具有以下方面：案例编号 (0-100)、时间 (0-200 年)、X 网格点位置（0-100m），y 网格点位置（0-20m）加上该位置的实际数据点（例如饱和度范围为 0- ...

HDF5：如何从 h5dump output 解码 UTF8 编码的字符串？ - HDF5: How to decode UTF8-encoded string from h5dump output?

我正在使用 UTF-8 编码将属性写入 HDF5 文件。 例如，我将“äöüß”写入文件中的属性“notes”。 我现在正在尝试解析h5ls （或h5dump ）的 output 以提取回这些数据。 这两种工具都会给我这样的 output： 我知道，例如， \37777777703\3777777 ...

读取一个 hdf5 文件，使用 Numpy 和 lmfit 使一些进程通过使用 multiprocessing 加速 - Reading a hdf5 file, make some processes with Numpy and lmfit accelerated by using multiprocessing

如果你们中的任何一个可以提供帮助，我将不胜感激。 我正在努力使用多处理来加速保存为相对较大的 hdf5 文件 (4.3 GB) 的数据集的高斯拟合（使用 lmfit）。 请看下面的代码： 如果我在没有多处理的情况下运行，它可以工作，但它太慢了。 但是，当我尝试使用多处理 package（下面的代码） ...

Append HDF5 文件中的数据 - Append Data in HDF5 file

我想 append 新日期到我已经创建的 HDF5 文件，但我不知道如何 append 更多数据，我不知道附加的实际语法我已经创建了一个 HDF5 文件来将我的数据以 HDF 格式保存为with h5py.File(save_path+'PIC200829_256x256x256x3_fast_sj ...

如何在 Python 中使用 Multiprocessing 并行执行以下代码 - How to parallel the following code using Multiprocessing in Python

我有一个 function generate(file_path) ，它返回一个 integer 索引和一个 numpy 数组。 生成function的简化如下： 我需要遍历一个目录并将generate(file_path)的结果收集到一个 hdf5 文件中。 我的序列化代码如下： 我希望写一个多线 ...

为什么我可以使用 rhdf5 R package 从本地磁盘而不是外部磁盘打开 HDF5 文件？ - Why can I open HDF5 files from local disk but not external disk using the rhdf5 R package?

我遇到了一个问题，我使用 R package “侦探”来分析 RNAseq 数据。 然而，问题显然取决于 rhdf5。 问题归结为这个错误，我只在尝试从我的外部 SSD 而不是从我的本地磁盘读取 a.h5 文件时得到： 值得注意的是，.h5 文件最初专门存储在外部 SSD 上，出于演示目的，我将其 ...

2022-12-22 21:45:58   1   21    r / hdf5 / rhdf5  
Python 中非常大的 JSON 处理 - very large JSON handling in Python

我有一个非常大的 JSON 文件（~30GB，65e6 行），我想使用一些数据帧结构来处理它。 这个数据集当然不适合我的记忆，因此我最终想使用一些内存不足的解决方案，比如 dask 或 vaex。 我知道，为了做到这一点，我首先必须将它转换成一种已经内存可映射的格式，如 hdf5（如果你对格式有建议 ...

使用 parvaiew/vtk 分析树状结构 - Using parvaiew/vtk to analyze a tree like structure

我有一个牛顿优化器，我正在以 HDF5 的形式导出一些数据。 HDF5 文件包含优化过程的结果，它们是三角形网格，因此我将它们加载到 paraview 中。 此外，HDF5 文件包含有关优化过程的信息，因此我有一个类似 json 的结构，其中包含有关牛顿迭代次数、牛顿误差的信息。 对于每次牛顿迭代 ...

如何将 pandas dataframe 单元格中的列表保存为 HDF5 表格格式？ - How to save a list in a pandas dataframe cell to a HDF5 table format?

我有一个 dataframe，我想以附加格式保存到 hdf5 文件中。 dataframe 看起来像这样： 复制该问题的代码是： 不幸的是，它返回此错误： 我知道我可以将每个值保存在单独的列中。 这对我的扩展用例没有帮助，因为可能有可变长度的列表。 我知道我可以将列表转换为字符串，然后根据字符串 ...


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