我遇到了一个问题，我使用 R package “侦探”来分析 RNAseq 数据。 然而，问题显然取决于 rhdf5。 问题归结为这个错误，我只在尝试从我的外部 SSD 而不是从我的本地磁盘读取 a.h5 文件时得到： 值得注意的是，.h5 文件最初专门存储在外部 SSD 上，出于演示目的，我将其 ...
目标读取R中一个hdf5文件的data部分。 问题我正在使用rhdf5读取 R 中的 hdf5 文件。在 75 个文件中，它成功读取了 61 个文件。 但是对于文件的 rest，它会抛出一个关于 memory 的错误。 虽然，其中一些文件比已读取的文件短。 我曾尝试在全新的 R session 中 ...
我正在尝试将我的 h5 日常文件转换为光栅格式。 我转换成光栅格式。 当我提取我感兴趣的领域时。 我无法从光栅图像中提取我感兴趣的区域请任何人指导我如何解决这个问题。 R 代码和 hf5 文件以及转换后的光栅图像存在于链接中（附加）。 谢谢 https://drive.google.com/dr ...
说我的数据看起来像这样 存储这段时间数据最节省空间的方式是什么？ 我查看了 Numpy 文件，但 numpy 只支持统一长度数据我查看了 Hdf5，它支持 1d 不规则张量，但不支持 2d https://stackoverflow.com/a/42659049/3259896 因此，可以选择为t ...
我无法使用 rhdf5 使用低级 API 将字符串写入 hdf5 文件中的组，特别是函数 H5F创建 H5G创建 H5Screate H5D创建 H5D写 这是我的数据： 我希望这个向量 v 存在于一个名为“元数据”的 hdf5 组中。 在这里，我尝试将此一维字符数组写 ...
我收到了大量需要阅读和绘制图表的文件。 一些数据集比其他数据集有更多的文件。 所以我需要编写一个循环来执行此操作。 到目前为止我编写的代码有效，但我无法终生弄清楚如何索引循环以调用文件。 我试过一个简单的 我尝试过其他版本，但我已经改变了太多，我不记得了。 但是当我在底部单独加载文件时。 他们加载所 ...
我正在尝试在 R 中安装 minfi： 但是在编译 HDF5Array 期间安装停止，并出现以下错误： 我已经安装了rhdf5和Rhdf5lib package 以及文件 R “看不到”实际上存在于它应该“搜索”的确切目录中（/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/） 我 ...
我有一个“.h5”文件，想用 R 提取它。 我搜索并发现rhdf5的BiocManager用于此目的。 我试过了，但出现错误。 无论我使用 'h5ls' 还是 'h5read' 方法，我总是在下面收到相同的错误消息。 H5Fopen 中的错误（文件，“H5F_ACC_RDONLY”，本机 ...
当我试图写一个dgcMatrix的30 000x80 000使用rhdf5在Rstudio ： 我收到错误消息： H5Dcreate中的错误（loc $ H5Identifier，数据集，tid，sid，dcpl = dcpl）：HDF5。 数据集。 无法初始化对象。 另 ...
我正在使用rhdf5库。 我想一次读取许多文件。 我在文件夹输入中有.h5文件，然后就开始了： 它没有显示任何错误。 我执行它，什么也没发生。 我也尝试了lapply(filenames,h5read(filenames,name="/datasets/data1/data0") ...
我是hdf5文件的新手。 尝试从下面的URL读取一些示例文件。https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/examples/files/exbyapi/ 在尝试读取R环境中的.h5文件之一时 library(rhdf5) h5ls("h5ex_d_so ...
我有一个这样的数据框： 我想选择所有配对的行和列值，以便可以将它们插入函数中。 我正在尝试此代码： 这是按我的意愿从df中插入我的所有row和col值，但是它正在做它们的所有可能组合，我只想插入适当的配对。 例如， row 1应永远只能有一对1 ， 50和55作为对应的c ...
从工作开始（UTC时间00：00h）开始，我每天都有一个以秒为单位的时间序列。 当我想绘制其他数据的时间序列时，我想将以秒为单位的时间序列转换为日期。 所有数据均来自使用软件包rhdf5读取的hdf5文件 然后，我尝试和as.POSIXct建立一个数据帧（以后与ggplot2一起使用 ...
目的 我的文件夹中有100个hdf5文件。 对于可重现的示例，我们仅考虑2个文件，即： 每个hdf5文件包含2组，即data和frame 。 我想从data组中提取2个对象。 这些称为VDS_Veh_Speed和VDS_Chassis_CG_Position 。 同样，在f ...
我已经创建了一个虚拟HDF5对象 现在，我只想检索对象df_A和df_B列名，而不读取整个文件rhd5file.h5 。 可能吗？ 我尝试了h5readAttributes()和h5ls() ，但是它们都不显示列名而不读取整个对象 要求的输出： ...
我有一个带有多个变量的hdf5文件，我想自动将它们存储在列表或矩阵中。 我可以通过键入来访问文件中的任何变量 现在，我想使用循环将所有变量保存到内存中。 就像是 我试过了assign（），eval（），as.name（），它们都不起作用，但是我无法将它们保存到另一个变量 ...
之前曾有人问过这个问题，但没有一个答案对我有用。 我正在使用bioconductor.org中的rhdf5库读取HDF5文件：source（“ http://bioconductor.org/biocLite.R ”）; biocLite（ “rhdf5”）; 库（rhdf5）; ...
尽管它似乎与已经存在的问题相似： 是否可以使用rhdf5-in-r在hdf5-文件中更新数据集维度，但它们并不完全相同。 在RHDF5文档中，我们定义了使用h5createDataset（）（使用maxdims参数）创建数据集时，可以定义数据集可以具有的最大尺寸。 但是，如果我们事先不知 ...