[英]how to use rpy2 to get n-dim array from python
我想使用python进行一些计算,然后将数组数据放入r以得到一些图。
对于1维数组,我可以使用FloatVector来获得正确答案,但n维数组错误
(运行以下代码)
(2维数组)
import numpy as np from rpy2.robjects.vectors import FloatVector x = np.array([[1, 2], [3, 4]]) X = FloatVector(x)
错误信息:
`Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "D:\Program\Anaconda3\lib\site-packages\rpy2\robjects\vectors.py", line 456, in __init__
obj = FloatSexpVector(obj)
ValueError: Error while trying to convert element 0 to a double.`
使用numpy2ri可能会使某些绘图顺序出错(例如ggplot2)
我想在间谍中做所有这些。
转换机制可以是您的朋友:
from rpy2.robjects.conversion import localconverter
from rpy2.robjects import numpy2ri
with localconverter(numpy2ri.converter) as cv:
X = cv.py2ro(x) # convert from *py*thon to *ro*bjects
否则,发生这种情况是因为rpy2试图遍历序列x
(默认行为而不请求numpy进行交互),并使迭代中的每个元素成为R / rpy2对象。 这不起作用,因为x[i]
被关到FloatVector
,你不能有一个FloatVector
的FloatVector
元素(你可以有FloatVector名单虽然)。 明确地说,这就是正在发生的情况(您将触发相同的错误):
FloatVector([FloatVector(y) for y in x])
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